1. 用户体验差别
微信小程序无需下载，想购物时可在微信上搜索、直接运用。有朋友给你推荐好物品时，直接将小程序推荐给你即可。下单购置十分便捷，有效提高商家上单率！
而微店要使用，需要下载APP，好友分享过来，也只是一个链接/店铺号，还是要下载APP再打开，要是碰到手机内存不足，那可能会直接放弃了，可能就到其他的平台购买了，所有用户体验对比起小程序差别还是很大的。
2. 风格功能差别
小程序可以自定义的功能比较多，如果是开发者可以使用微信现在开放出的各种端口，用以自己的功能比如小程序放置地图，显示自己的店铺位置，可以设置自己的会员系统啊、可以调取微信支付啊等等，都可以很自由搭配。
3. 商家服务差别
小程序商城和用户是一对一的交互方式，商家不用太注重和同类商家价格上的竞争。
但因为小程序不用下载安装注册，用户触手可及。所以，用户一般使用的时间可能没有那么长。这会倒逼商家提供更好的服务和商品，才能留住用户，让用户进行二次消费。而微店是集中显示各个商家的商品，要从万千商品中脱颖而出，比价格是不得不做的妥协。所以总体来说，小程序平台上的优质的卖家会更普遍而微店上走实惠路线的店家会更多

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